Zu Orgelwartung und Pflege zählen folgende Maßnahmen:
- Stimmung
- Kontrolle und Justierung aller beweglichen Teile (Trakturen)
- Überprüfung der Windversorgung
- Reinigung

Bei der Stimmung ist zu unterscheiden zwischen Labial- und Zungenpfeifen. Zungenpfeifen müssen häufig nachgestimmt werden, besonders nach Veränderung der Raumtemperatur. Hauptamtliche Kirchenmusiker können die Zungenstimmung in der Regel selbst ausführen. Nebenamtliche Kirchenmusiker/innen benötigen dazu eine besondere Einweisung. Zu beachten ist auch, dass die Zungenpfeifen bei manchen Orgeln schwer zugänglich sind und dass deshalb die Stimmung nicht ohne weiteres von jedem/r (nebenamtlichen) Kirchenmusiker/in erwartet werden kann.
Die Stimmung der Labialpfeifen ist grundsätzlich Aufgabe von Orgelbauwerkstätten.

Alle anderen Wartungs- und Pflegearbeiten sind Aufgabe einer Orgelbauwerkstatt. Zu empfehlen ist der Abschluss eines Wartungsvertrages. Dieser umfasst die Funktionskontrolle der gesamten Orgel, Behebung kleinerer Störungen und die Stimmung (Hauptstimmung oder Teilstimmung). Darüber hinausgehende Arbeiten werden gesondert berechnet. Mustervertrag

Zur Pflege der Orgel im weiteren Sinne gehört auch die Einhaltung eines optimalen Raumklimas und der Schutz der Orgel bei Baumaßnahmen in der Kirche.