Unter Restaurierung versteht man die Wiederherstellung eines alten Zustandes, der durch Veränderungen im Laufe der Geschichte der Orgel verändert oder verloren gegangen ist. Für Restaurierungen kommen nur Orgeln vergangener Epochen in Betracht, also bis etwa zum Beginn des 20. Jahrhunderts.
Eine Restaurierung bedeutet nicht automatisch die Wiederherstellung des ältesten, sogenannten „Originalzustandes“. Manche Orgeln vereinen wertvolle Substanz aus verschiedenen Epochen. Daher kann keine allgemein gültige Richtlinie zur Zielsetzung einer Restaurierung benannt werden.

Der erste Planungsschritt besteht in der Erforschung der Geschichte der Orgel. Sie wird nachgezeichnet anhand historischer Dokumente aus den Archiven der Kirchengemeinden, Denkmalbehörden, Orgelbauwerkstätten u.a. Die Beschreibung aus Literatur wie Fachbüchern und Festschriften ist oftmals nicht ausreichend.

Im nächsten Schritt muss die vorgefundene Substanz der Orgel bewertet werden hinsichtlich Alter, Herkunft, Zustand und Schäden. Inwieweit die Orgel dafür demontiert muss, ist nicht generell zu beantworten und muss im Einzelfall entschieden werden. Erst nach Abschluss einer gründlichen Voruntersuchung kann ein Restaurierungsziel benannt werden. Im Anschluss daran erfolgt die Ausschreibung.

Die Restaurierung einer historischen Orgel gehört zu den komplexesten Bauvorhaben, für die oftmals mehrere spezialisierte Orgelsachverständige hinzugezogen werden.