Falls sich am Ort ein erhaltenswertes Instrument befindet, so sind in regelmäßigen Abständen Überarbeitungen notwendig. Bei historischen Orgeln ist in der Regel die Erhaltung (= Konservierung) oder Wiederherstellung eines einstmaligen Zustands beabsichtigt (= Restaurierung). Bei jüngeren Instrumenten kann mit Respekt vor der handwerklichen Leistung und der einstigen künstlerischen Idee der Erbauer auch die Möglichkeit von Eingriffen in das Werk bestehen (= Überarbeitung/Reorganisation). 

So sind neben Reinigungen, die im Regelfall ca. alle 20-30 Jahre notwendig sind, bei nicht denkmalgeschützten Orgeln Verbesserungen in der Spielbarkeit durch Eingriffe in die Ton- und Registertraktur möglich. Hierzu kann auch der Einbau einer Setzeranlage zählen. Teils ist durch geänderte Sicherheitsbestimmungen eine Absicherung bis Überarbeitung der Elektrik notwendig. Dies kann auch unter Kriterien des Denkmalschutzes erfolgen.

Historische Orgeln oder Instrumente mit künstlerischer Ausstrahlung sind nach den Regeln der Klangdenkmalpflege zu behandeln. Falls in Bezug auf den Klang einer nicht denkmalgeschützten Orgel Unzulänglichkeiten bestehen, so ist die Umintonation, also die klangliche Veränderung des bestehenden Materials, wie auch die Veränderung der Disposition (Austausch oder Umstellen eines Teils der Pfeifen) eine denkbare Option. Möglichkeiten und Grenzen solcher Eingriffe sind jedoch immer im Einzelfall zu entscheiden. Die zuständigen Orgelsachverständigen sind hier beratend tätig.

Durch Veränderungen des Aufstellungsraumes (Anbauten, Einbauten oder Verkleinerungen) können auch durchgreifendere Arbeiten an der Orgel nötig werden. Bei solchen Umbauten kann die Orgel im Rahmen der Möglichkeiten z.B. um ein Werk ergänzt werden.